Existen tres grandes fases asociadas al desarrollo de un APL: la Gestación, la Implementación y la Certificación.
Durante la etapa de evaluación del APL, el Consejo Nacional de Producción Limpia, o quién éste designe formalmente (a nivel regional puede ser un Comité Regional) se pronuncia sobre la pertinencia y oportunidad de un posible APL.
La etapa de diagnóstico es clave. Un diagnóstico del sector bien realizado permite partir la negociación con una visión objetiva de su estado a nivel de la contaminación y sus causas. De este diagnóstico se derivan las propuestas concretas que se propondrán en el documento de APL y que finalmente se llevarán a la mesa de negociación.
La negociación parte con la formalización del equipo negociador, tanto desde la parte privada como de la parte pública. Esa formalización se realiza a través de una carta del presidente de la asociación y de los jefes de cada institución pública participante. Esta formalización es determinante pues legitima a las partes que asumirán la responsabilidad de llegar a acuerdos.
Se recomienda establecer un plazo para la adhesión cuando el número de empresas que suscribirán el APL es elevado o bien, cuando el alcance territorial es extenso y por lo tanto, dificulta concertar a todos los participantes en un mismo lugar y en la misma fecha y hora.
